Hola @felix_es35 y a todos. El problema que describes es habitual en PrestaShop 1.7.2.1. El generador de robots.txt en 'Parámetros de la tienda > Tráfico y SEO' está diseñado para ser básico y, efectivamente, sobrescribirá cualquier cambio manual si vuelves a usarlo. Para tener un control total y evitar que tus reglas personalizadas se borren, la solución es crear y mantener un archivo robots.txt manualmente en la raíz de tu instalación. Una vez que lo tengas, nunca más debes usar el generador del Back Office.
Respecto a los problemas de usabilidad móvil por CSS/JS, es crucial que tu robots.txt permita el rastreo de los recursos públicos de tu tema y módulos. Asegúrate de que NO haya líneas como Disallow: /themes/ o Disallow: /modules/ de forma global. Deberías tener algo como Allow: /themes/ y Allow: /modules/ si quieres ser explícito, aunque lo estándar es que si no hay un Disallow general, se permiten. El problema suele venir de Disallow: / que luego intenta excepciones.
Para las páginas de búsqueda y carrito, además de Disallow específicos en tu robots.txt manual (ej. Disallow: /*search_query=* o Disallow: /carrito.php), es una buena práctica añadir la meta etiqueta <meta name="robots" content="noindex,follow"> directamente en el <head> de esas páginas a través de la edición de sus archivos de plantilla (.tpl) o controladores correspondientes. Esto le da una señal más fuerte a los motores de búsqueda para que no las indexen pero sigan los enlaces.
En cuanto al sitemap XML, puedes generarlo desde la misma sección de 'Tráfico y SEO'. Asegúrate de que incluye todas tus categorías, productos, páginas CMS, etc., y luego envíalo a Google Search Console.