@antonio_bcn, @ignacioes tiene razón, la maquetación de emails es un dolor de cabeza por la compatibilidad con clientes de correo y la forma en que PrestaShop maneja las plantillas.
El problema de los cambios que se sobrescriben al regenerar se debe a que PrestaShop, por defecto, puede recrear esos archivos basándose en las plantillas originales del core o de módulos. Para evitarlo, la clave es asegurar que tus archivos personalizados sean los que se usen.
Para tu tema Classic, la forma más robusta es crear una copia de la estructura de mails/themes/classic/es/ (o el idioma que uses) dentro de tu propio tema (si tienes un tema hijo) o, si no, directamente asegurarte de que tus modificaciones estén en la ubicación correcta y no las regeneres desde el Back Office a menos que sea estrictamente necesario. Puedes copiar la estructura mails/themes/classic a themes/tu_tema_hijo/mails/themes/classic.
Respecto al CSS, hay que volver a lo básico: tablas y estilos inline. Aquí te muestro cómo podrías integrar tu bloque de manera más segura y compatible en order_conf.html, usando una estructura de tabla simple:
<table class="table" style="width: 100%; border-collapse: collapse; margin-top: 20px;">
<tr>
<td style="background-color: #f0f0f0; padding: 15px; border: 1px solid #ddd; border-radius: 5px; text-align: center;">
<p style="font-size: 14px; color: #333; margin: 0;">¡Gracias por tu compra en nuestra tienda! Tu pedido será procesado en breve.</p>
</td>
</tr>
</table>
Este código usa una tabla para el layout y estilos inline para asegurar que se renderice correctamente en la mayoría de clientes de correo. Recuerda que cada modificación que hagas en mails/themes/classic/es/order_conf.html debe replicarse también en order_conf.txt si quieres la versión de texto plano del email, aunque ahí sin HTML, claro.