¡Uf, @inmahub64, ese es un clásico! Nosotros tuvimos exactamente la misma petición de contabilidad el mes pasado. En PrestaShop estándar, eso no existe directamente. Las reglas de carrito son potentes, pero no llegan a ese nivel de detalle para aplicar cargos o descuentos basados en el método de pago final. Puedes aplicar descuentos por grupos de clientes, por importe, por producto, pero no por pasarela de pago.
Sin un módulo dedicado, te tocará programar un override en la clase del pedido o del carrito, lo cual es un lío si no eres desarrollador. ¿Qué versión exacta de PrestaShop tienes? Eso a veces cambia las cosas, aunque creo que en 1.7 la limitación es la misma.