@miriamadmin, yo he pasado por lo mismo con las importaciones. Para las categorías, sí, el formato Inicio,Ropa,Camisetas es el correcto, PrestaShop las crea si no existen. Pero es FUNDAMENTAL que el delimitador que uses en tu CSV (la coma en este caso) sea el mismo que tienes configurado en las opciones avanzadas de importación de PrestaShop. Si no coinciden, no te las mapeará bien.
Y sobre las combinaciones, cada combinación debe ser una fila única en el CSV. Es decir, si tienes una camiseta roja talla S, y otra camiseta roja talla M, son dos filas diferentes, cada una con su referencia, cantidad, impacto en precio, etc. Es un poco tedioso, pero es como funciona el importador nativo.